Bernardo passou da Bahia para São Paulo, onde foi sertanista, tendo figurado na expedição de Francisco Bueno, dirigida, em 1637, ao sertão do Taquari, no sul do Brasil. Bernardo da Motta é citado no inventário de Gaspar Fernandes, tio materno de sua esposa, como "primo". Entretanto, esse parentesco não é claro, pois não se conhece a ascendência de Bernardo. Sabe-se que ele nasceu na Bahia mas, se era aparentado com a família de sua esposa, talvez seus pais fossem paulistas.