Veio para o Brasil, mais precisamente para a capitania de Pernambuco, antes de 1610. Comprou, dos filhos de Jerônimo de Albuquerque, umas terras situadas na região da atual cidade de Recife, e ali fundou um engenho de açúcar. As terras haviam pertencido a Jerônimo de Albuquerque, como parte de uma doação feita por seu cunhado Duarte Coelho, e depois haviam passado aos descendentes de Jerônimo. O engenho fundado por Pedro Afonso Duro ficou conhecido pelo nome de batismo de sua mulher: Engenho da Madalena. A casa-grande do engenho era conhecida como o Sobrado da Madalena, vindo daí o nome do engenho. Em 1630, o engenho já havia sido vendido a João de Mendonça. O Engenho da Madalena foi um dos mais importantes de Pernambuco no século XVII e o povoado nascido em suas terras forma, hoje, o bairro de Madalena, na cidade de Recife-PE. O Mercado da Madalena (ainda em funcionamento no bairro) foi inaugurado a 19 de outubro de 1925. Preservado e restaurado, o antigo casarão do Engenho da Madalena, ainda chamado de Sobrado Grande, abriga a sede regional do Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional e o Museu da Abolição, em Recife-PE.
Pedro e Madalena tiveram 7 filhos. Não se conhece a ascendência de Pedro.