Francisco era natural de Brabante, dos estados de Flandres, na atual Bélgica. Deve ter nascido pouco antes de 1541, pois sabe-se que já vivia nesse ano. Passou a Portugal por causa do comércio, e fez assento na vila de Setúbal, onde se casou, indo residir na freguesia de São Julião. Francisco Taques Pompeu (ou mais exatamente o seu filho Pedro) dá início ao Título Taques Pompeus da Genealogia Paulistana, de Silva Leme. Sobre Francisco Taques Pompeu, seu descendente Pedro Taques de Almeida Paes Leme escreveu, em sua Nobiliarquia (e Silva Leme reproduziu na GP), que procedia de nobilíssima família. Isso consta dos autos de genere processados em 1696 na câmara patriarcal de Lisboa por parte de Pedro Taques, o genealogista, que foi a Portugal pesquisar suas origens.