Foi o 6º senhor de Albuquerque. Foi um Rico-homem e alferes-mor do rei D. Afonso XI de Leão e Castela "o Implacável" (que reinou entre 1325-1350).
Serviu como mordomo-mor ao rei D. Pedro I de Castela "o Cruel" (que reinou entre 1350-1369). D. João Afonso era muito esforçado e prudente, e muito próximo do rei. Porém, apesar desta amizade, o rei mandou um médico matá-lo usando ervas venenosas.
D. João Afonso de Albuquerque ficou conhecido como "o do ataúde" porque, segundo historiadores, foi levado, morto, em um ataúde por seus vassalos, durante vários dias.
Foi casado e teve um filho, Martim, que era o herdeiro legítimo de Albuquerque, mas que foi executado em 1365 por ordem do mesmo rei D. Pedro I de Castela. Martim morreu sem deixar sucessão. Assim, a coroa de Castela apoderou-se do senhorio de Albuquerque.
D. João foi pai, também, de vários filhos ilegítimos, de duas diferentes mulheres.