Era natural da região do Alentejo, em Portugal. Viveu em Beja, onde foi Juiz de Órfãos e depois Tesoureiro da Bula da Cruzada, e onde se casou pela primeira vez. Viúvo, casou segunda vez com a também viúva Maria da Costa. Fernão foi partidário de D. Antonio, Prior de Crato, nas tentativas em 1580 e 1589 de tomada da Coroa de Portugal. Fernão veio para o Brasil, antes de 1618, com o filho Antônio (o futuro sertanista Antônio Raposo Tavares), de seu primeiro casamento. Fixou-se a princípio na Bahia de Todos os Santos, onde foi contador-mor. Transferiram-se para São Vicente, a cerca de 1622, e Fernão foi nomeado Capitão Mor Governador e Ouvidor da Capitania de São Vicente e São Paulo. Também aparece citado como Provedor da Fazenda Real da Capitania de São Vicente. Provavelmente, a cerca de 1638, mandou chamar em Portugal seu outro filho Diogo. Ignora-se o local e data do falecimento de Fernão. Ele deixou vários filhos de ambos os casamentos.