Citado como Capitão Sebastião de Freitas, é o tronco do título Freitas da Genealogia Paulistana, de Silva Leme. Era Cavaleiro Fidalgo da Casa Real Portuguesa. Foi provedor da Santa Casa de Misericórdia na cidade onde nasceu. Em 1591 passou de Portugal à Bahia em serviço de El-Rei, como soldado da Companhia do Capitão Gabriel Soares de Sousa, encarregado de acompanhar o Governador-Geral Francisco de Sousa em expedições destinadas ao descobrimento de minas de prata no Brasil. Da Bahia passou para São Paulo, onde se casou. Em 1594, acompanhou o Capitão Jorge Correia ao sertão, em Mogi, em guerra contra os gentios que cercavam a vila de São Paulo. Em 1595, acompanhou, com seus escravos, o Capitão Jerônimo Pereira de Sousa em nova guerra contra o inimigo gentio. Pelos serviços prestados, foi armado Cavaleiro por D. Francisco de Sousa em 1600, em São Paulo. Nessa vila, Sebastião foi pessoa de respeito, autoridade e estima, tendo sempre as rédeas do governo local. Em 02-JAN-1604, recebeu "terras de sesmaria para fazer suas roças", conforme carta de Pedro Vaz de Barros, Governador da Capitania de São Vicente. Em 1606, recebeu de Jerônimo Correia Souto Maior, Capitão-Mor Governador da Capitania, em nome do donatário Lopo de Sousa, a patente de Capitão da Gente de Piratininga do Campo de São Paulo, para com ela combater os inimigos da vila. Em 1628, tomou parte na bandeira de Antônio Raposo Tavares ao Guairá.
O historiador José Gonçalves Salvador, em Vozes da História, pg. 138, afirma que Sebastião de Freitas era cristão-novo. Assim escreveu o historiador: "Sertanista, também, foi o algarvense Sebastião de Freitas. Em 1591 vamos encontrá-lo no interior da Bahia ao lado de Gabriel Soares e em 1594, já na capitania de São Vicente, figura como imediato na bandeira do capitão-mor Jorge Correia; em 1596 é integrante na jornada de João Pereira de Souza e, em 1628, milita no Guairá juntamente com Antônio Raposo Tavares. Aparece como cristão-novo numa relação do Santo Ofício, redigida ao tempo do visitador Pires da Veiga, ao qual veio penitenciar-se por tecer considerações maldosas sobre a virgindade de Nossa Senhora, fato que bem revela a irreverência espiritual desse bandeirante, em nada inferior a do capitão João Pereira de Souza, conforme registra o processo a que respondeu em Lisboa perante a Inquisição".
Sebastião de Freitas faleceu em sua fazenda em Juqueri (região do atual município de Mairiporã-SP).