Em novembro de 1542, em Lisboa, Portugal, Pedro Leme e sua mulher Luzia Fernandes venderam a Simão Gomes umas propriedades que possuíam em São Mamede, termo da vila de Óbidos, Portugal, com o intuito de partir para o Brasil na companhia do pai de Pedro, Antão Leme, que foi testemunha na transação. As propriedades então negociadas - uma vinha, uma terra e uma casa - pertenciam a Luzia Fernandes, que as herdara de seu pai. Pedro Leme, acompanhado de sua mulher, seu pai e sua filha pequena, partiram de Lisboa, rumo ao Brasil, em fins de 1542 ou princípio de 1543, pois em 1544 já se encontravam na capitania de São Vicente. Pedro Leme faleceu com testamento feito em São Vicente a 9/9/1592, com codicilo feito em São Paulo a 7/6/1596 e foi inventariado a partir de 27/3/1600. Em seu testamento, ele não cita um primeiro casamento com Isabel Paes, como noticiou o genealogista Silva Leme, a qual seria mãe de Fernando Dias Paes. Prevalecem os dados do testamento pois, se houvesse filho varão, Pedro Leme com certeza não se esqueceria e ele seria citado. Foi casado a primeira vez com Luzia Fernandes. Tiveram a filha única, Leonor Leme. Casou-se segunda vez em São Vicente com Gracia Rodrigues, com quem teve uma filha, que faleceu sem deixar geração.