Foi rei de Leão e da Galiza de 1157 até sua morte. Herdou o trono galego-leonês por morte de seu pai, Afonso VII de Leão e Castela, que na hora da morte repartiu o reino, legando Castela ao filho primogênito Sancho.
Alguns meses após subir ao trono, em 1158, assinou um tratado com seu irmão Sancho III de Castela, pelo qual concordaram em fazer guerra contra os muçulmanos, repartir o território conquistado, não tentar reunificar os seus reinos, e repartir o recém-criado (1139) reino de Portugal (parece que pretendiam invadi-lo?).
No entanto, a morte precoce de seu irmão arruinou estes planos. O reino de Castela ficou dominado pela rivalidade entre as poderosas famílias Castro e Lara. Então, em 1159, durante a menoridade de seu sobrinho Afonso VIII, Fernando entrou em Castela à frente de um numeroso exército. Exigiu, para por fim à guerra civil que afligia este reino, que os Laras lhe entregassem a guarda do rei seu sobrinho, de cuja educação se encarregaria.
Em 1165, Fernando II contraiu matrimônio com D. Urraca de Portugal, filha do rei de Portugal, acabando assim, aparentemente, a ameaça do poderoso reino de Leão ao jovem reino português.
Mas diversos conflitos ocorreram entre Leão e Portugal, resultando no estabelecimento das fronteiras entre Portugal, Leão e Galiza e a união de forças no enfrentamento dos mouros.
Após dez anos de matrimônio com D. Urraca de Portugal, em 1175 o papa declarou que os consortes eram parentes e eles foram obrigados a se separar, o que Fernando muito lamentou. Algum tempo depois, ele se casou pela segunda vez.
Depois de fazer uma guerra, de curta duração, contra Castela, Fernando e seu sobrinho Afonso VIII de Castela fizeram um acordo, em 1180. Nesse ano, faleceu a segunda esposa de Fernando, de parto. Em 1185, ele se casou pela terceira vez.
Percebendo que o fim da vida de seu esposo estava próximo, a nova rainha quis elevar seu filho ao trono de Leão, em vez de Afonso, filho de D. Urraca de Portugal. Para isso, defendia que o nascimento de Afonso era ilegítimo, visto que o casamento de seus pais tinha sido anulado. Fernando II, já velho e doente, cedeu a essa argumentação e desterrou o filho primogênio da corte. Mas os senhores do reino fizeram ferrenha oposição ao projeto da ambiciosa rainha e, para maior infortúnio dela, o rei morreria antes que pudesse alterar a sua sucessão.
Fernando II foi casado três vezes, tendo filhos de todos os matrimônios. Urraca foi sua primeira esposa. Tiveram apenas um filho, Afonso, que sucedeu ao pai no trono como Afonso IX de Leão.