Ele sucedeu a seu pai, em 879, como conde da Flandres. Era chamado “Balduíno II o Calvo”, não por sua aparência, mas em homenagem a seu avô materno, embora seja surpreendente que um apelido tão pessoal possa ser transmitido dessa forma.
No início de seu governo, sofreu grande pressão de ataques víquingues e se refugiou, em 883, nos pântanos de Saint-Omer. Expandiu seus territórios, promovendo várias ocupações.
Em 899, Balduíno II invadiu Péronne e atacou Vermandois, Artois e Bolonha, mas foi expulso de Vermandois em 900, embora mais tarde a tenha reconquistado e matado o conde Heriberto II de Vermandois, em vingança pela morte de seu irmão Raul.
Depois que Balduíno II faleceu, seus territórios foram divididos entre seus dois filhos varões.