Passou ao Brasil no caráter de secretário do governo, em companhia de Dom Francisco de Sousa, 7º governador geral em 1591. Esteve na Bahia até 1598, ano em que, com Dom Francisco, veio a São Paulo visitar as minas de ouro e ferro então descobertas por Afonso Sardinha. Deixando o cargo de secretário em 1602, com a retirada de Dom Francisco para o reino, Pedro Taques serviu os honrosos cargos em São Paulo até que, com o retorno de Dom Francisco de Sousa em 1609, recebeu deste a mercê do oficio de Juiz de Órfãos da Vila de São Paulo, em caráter vitalício, conforme provisão de 06-JUN-1609.